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我国最早的文字——甲骨文中至少记载了五种鸟类。许多著名的诗人在他们的诗作中也都有鸟的描写。例如唐代著名诗人杜甫在题为《绝句》的一首诗中就写道：“两个黄鹂鸣翠柳，一行白鹭上青天。窗含西岭千秋雪，门泊东吴万里船。”人们常常用鸟语花香来形容春光明媚，但这是自然历史演变的结果。在距今1.45亿年以前的侏罗纪晚期，天空中除了会飞的爬行动物——翼龙外，还是一片空寂。鸟类的出现使地球的空间充满了勃勃生机。始祖鸟是迄今止发现的最古老的鸟类。它的发现，不仅证实了鸟类是由爬行动物进化而来，而且标志着脊椎动物已成功地向空中挺进。
1860年，在德国巴伐利亚省的索伦霍芬附近的细粒状的石灰岩中，找到了一根人们从未见过的羽毛。这根羽毛长约68毫米，羽上的翮约有11毫米宽，羽轴、羽枝和小羽枝都十分清楚。人们把这根羽毛送到古生物学家迈耶手里。迈耶认为这是鸟类的羽毛。因为索伦霍芬的细粒状石灰岩被广泛用于石板印刷，所以他给这种鸟类起了个名称叫做“印板石始祖鸟”。就在这一年，有人又找到了一个带羽毛的动物骨架。迈耶鉴定后认为这个骨架与那根羽毛同属一种动物，即印板石始祖鸟。这个标本后来被世界上著名的英国自然历史博物馆购得。
1877年，在距前一个标本产地约10公里的埃赤斯塔特附近的相同地层中，又找到了一个始祖鸟化石。这块化石立即被柏林自然博物馆收购。1844年，戴姆斯研究了先后发现的两块始祖鸟化石。一开始他认为它们属于同一个种，后来发现两者有不同之处，于是1897年，他将第二次发现的始祖鸟定为西门斯氏始祖鸟。此后，又有不少科学家对这两块始祖鸟化石反复进行研究。他们先后起了不少名称，使人眼花缭乱。1954年，比尔重新研究了这两块标本，他认真它们虽有差别，但不是种间的差别，建议仍叫印板石始祖鸟。后来发现的标本也都统一在这个名称之下。目前世界上已发现七块始祖鸟的标本。它们是1956年在距发掘第一块始祖鸟标本地点250米远的地方，发现的第三块始祖鸟化石（由赫勒研究），1970年著名的恐龙专家奥斯特罗姆从被认真是翼龙的标本中发现的一块始祖鸟的化石。其中第六块保存得相发完整，现收藏在巴伐利亚州的古生物地质博物馆中。
虽然始祖鸟是目前已知的最古老的鸟类，但从骨骼解剖以及生存的地质年代来看，它还不是最原始的鸟类，也不是鸟类的祖先。1986年，美国得克萨斯技术大学的一位博士，在得克萨斯西部的三迭纪晚期的地层中发现了他自认为最原始的鸟类，由发现者定名为“原始鸟”。此人宣称：这块标本已具有一些只有鸟类才有的特征，如带龙骨突的胸骨、棒状的鸟喙骨以及前肢骨架上的羽毛。然而直到1991年，这位发现者才发表研究报告。令人失望的确良，这个报告只叙述了化石的头部骨骼，没有鸟类最重要的头后骨骼特征的描述，而腕掌骨与始祖鸟的相距甚远。为此，包括奥斯特罗姆教授在内的许多古生物学家，都不承认原始鸟是最古老的鸟类。有人说，它很可能是小恐龙的骨骼。当然，肯定还会有比始祖鸟更原始的鸟类，可惜至今尚未发现。
始祖鸟虽然不是鸟的祖先，但从它身上仍然可以看到从爬行类进化而来的痕迹和早期鸟类的特征。例如它的前肢指端长着三个爪，嘴里还有牙齿。它的脊椎骨是双凹型的，与鸟类马鞍型的脊椎骨迥然不同。它的荐椎由六块骨头组成，这是兽脚类恐龙以及其他爬行类型常见的荐椎数目，而鸟类的荐椎则一般为十一至二十三个。始祖鸟的胫骨与腓骨等长，跖骨彼此分离，没有愈合成跗跖骨，而鸟类的胫骨则稍短而退化。始祖鸟的肋骨细，没有关节或钩状突，跟胸椎不相连。此外始祖鸟的大脑半球以及小脑都不如现代鸟类发达，它的骨骼中也缺少气孔。所有这一切都说明，在始祖鸟身上保留着许多爬行类的特征。但是始祖鸟毕竟已经是鸟类，它有着鸟类的基本特征。但是始祖鸟毕竟已经是鸟类，它有着鸟类的基本特征。如它的身上已经有了羽毛，能将体温保持在38～450C之间。因而像其他鸟类一样，始祖鸟也是恒温的热血动物。在始祖鸟身上也有一般鸟类的特征。比如，始祖鸟腰带上的耻骨向后伸长；一对锁骨下端愈合成叉骨；脚有四趾，拇趾与其他趾对生；第三掌骨与腕骨愈合，第二及第一掌骨还未愈合，这是后来鸟类腕骨与掌骨都愈合成腕掌骨的雏型。上述比较解剖学的分析表明，始祖鸟已经是真正的鸟，尽管它身上还有某此些爬行动物的特征。
虽然鸟类是由爬行动物进化而来已成为共识，但专家们对它们是由哪一类爬行动物进化来的却有着不同的看法。在相当和长的时间内，人们都支持丹麦古生物学家海尔曼在1926年提出的鸟类起源于槽齿类的观点，但也有人对此提出了疑问：槽齿类属于爬行动物的主干古龙类，它不是一个自然的类群，而是分类学家人为地拼凑在一起的。讲起源，一定要从化石上找出一个自然的类群。
以美国的古鸟类学家马丁为代表的科学家们提出了鸟类起源于鳄类说。这种观点的主要依据是两者在头骨的解剖结构和脑颅的形态上较为相似，但这些相似之处在其他古龙类中也可找到。
还有一种鸟类起源于哺乳动物的说法。它的提出者加德纳列举二十五条证据来说明鸟类是现生的哺乳动物的姐妹，而与古龙类没有关系。但在详细分析以后，这一说法也很难确立。
目前世界上影响最大的有关鸟类起源的说法，是奥斯特罗姆提出的鸟类起源于恐龙的学说。他提出了十多条理由说明始祖鸟与兽脚类中的恐爪龙之间存在着一些相似的特征。但是也有人提出反对意见，认为恐爪龙与始祖鸟在地质年代上不属于同一时代，它们很可能是平行进化或平行发展的，所以恐爪龙不一定是鸟类的祖先。从功能起源上说，还可以把鸟类起源归结为奔跑起源说与树栖起源说。
在没有更多的保存完整的鸟类化石被发现之前，关于鸟类起源的争论还会持续一个较长的时间。但可喜的是，近年来在法国、西班牙、蒙古、俄罗斯、朝鲜以及澳大利亚，特别是在我国发现了一批从侏罗纪晚期到白垩纪早期的鸟类化石。这对研究鸟类的起源、演化以及与恐龙的关系有重要的意义。1995年在法国南部发现了较大的白垩纪晚期的鸟类化石，使一些人认为过去在那里发现的恐龙蛋可能是鸟蛋的说法得到证实，恐龙与鸟永远有不解之缘。
我国对中生代鸟类化石的研究是从20世纪80年代开始的。目前在甘肃、河北、内蒙古、山东、宁夏、辽宁等省区已发现多种中生代的鸟类化石。
- 1984年由中国古鸟类学家候连海等研究的玉门甘肃鸟，时代为白垩纪早期，发现于甘肃玉门。
- 1992年由美国古脊椎动物学家塞里诺中国恐龙专家饶成刚共同研究了三塔中国鸟，时代为白垩纪早期，发现于辽宁朝阳胜利乡。
- 1992年由中国年轻的古鸟类学家周忠和等研究的燕都华夏鸟，时代为白垩纪早期，发现于辽宁朝阳。
- 1993年由候连海等描述了北山朝阳鸟，时代为白垩纪早期，发现于辽宁朝阳。
- 1994年由候连海研究的成吉思汗鄂托克鸟，时代为白垩纪早期，发现于内蒙古自治区鄂托克旗。
- 1995年由周忠和研究的郑氏波赤鸟，时代为白垩纪早期，发现于辽宁朝阳波罗赤乡。“郑氏”是指中国现代鸟类研究的开拓者、中国科学院院士郑作新教授。
- 1995年由候连海等研究的圣贤孔子鸟，时代为侏罗纪晚期，发现于辽宁北票。
经过候连海等古鸟类学家的研究，人们了解到：早期鸟类的分化在侏罗纪晚期就已经开始了，始祖鸟只是鸟类演化的一个旁支。
在上述已发现的鸟类化石中，以孔子鸟最为重要。因为在孔子鸟的发现地又陆续发现了大量的侏罗纪晚期陆相沉积中的鸟化石，至少已有四个种，形成了孔子鸟类群。这些鸟的特点是：牙齿已退化，代为以角质喙，前肢肱骨上有小孔，是为了减轻骨骼的重量，同时还形成了气囊以增加浮力。它的的胸骨特别发达，以便使前臂增加振动羽毛的能力。它们的尾椎已经缩小，以便减少飞行时的阻力。候连海等人认为，孔子鸟是迄今发现最早的今鸟亚纲中的成员，使鸟类起源的时间提前了一大段，说明侏罗纪晚期不是鸟类的发生期，始祖鸟不是鸟类的祖先。便季强博士则认为，他鉴定的中华龙鸟才是鸟类的鼻祖、始祖鸟、孔子鸟是中华龙鸟之后的鸟类。这一讨论已引起国际上动物学界的极大兴趣。如今，国内外大多数鸟类、恐龙专家都认为，中华龙鸟实际上是恐龙中的秀颌龙。
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